Tiểu thuyết được Lưu Liễm Tử xây dựng dựa trên Hậu cung nhà Thanh, song nhiều chi tiết không đúng. Một phần vì kiến thức đại đa số về Thanh cung vẫn còn những hiểu lầm và Lưu Liễm Tử không tránh khỏi điều này; thứ nữa bản thân Lưu Liễm Tử cũng coi đây là tiểu thuyết nên biến hóa nhiều và không theo cứng nhắc như thực tế.

Trong cung đình nhà Thanh, tất thảy vấn đề của hoàng gia đều do Hoàng đế chủ trì và Nội vụ phủ trực tiếp thi hành. Những vấn đề lễ lạc, cung cấp nhu yếu phẩm, lương bổng, trách phạt Cung nữ Thái giám, Tuyển tú hay Cung nữ đến tuổi xuất cung đều do Nội vụ phủ trực tiếp thực hiện và Hoàng đế có vai trò ra quyết định cuối cùng. Hậu phi đời Thanh chỉ có vai trò duy trì cuộc sống cung đình với nhau một cách có quy tắc và ổn định, sinh con đẻ cái, tham dự lễ nghi và phục vụ hầu hạ Hoàng đế cùng Thái hậu. Do tiểu thuyết là đề tài hậu cung tranh đấu, vai trò của Hậu phi cũng được tăng thêm đáng kể một cách phi thực tế. Ví dụ như trong tiểu thuyết thì Hoàng hậu lại thay thế hay thậm chí ảnh hưởng lên Nội vụ phủ thực hiện nhiều việc điều phối trong hậu cung, trong khi công việc của Nội vụ phủ căn bản tách bạch và Hoàng hậu không có quyền can thiệp; hoặc như Hoàng quý phi và Phi tần có quyền lực xử lý chuyện của hậu cung nếu được Hoàng đế cho phép, dù vai trò của Phi tần cũng giống Hoàng hậu chỉ là trong phạm vi lễ nghi mà không có bất kỳ quyền hành lãnh đạo thực tế nào. Hệ thống Nội vụ phủ trên thực tế là do các quan viên cao cấp xuất thân Bao y đảm nhiệm, trong tiểu thuyết cũng bị chuyển thành Thái giám.

Hệ thống hậu cung của tiểu thuyết vì ảnh hưởng từ hệ thống của Hậu cung Chân Huyên truyện và sau là phim Chân Hoàn truyện mà có những đặc thù không tồn tại trong hậu cung triều Thanh. Theo tiểu thuyết, ngoại trừ Thái hậu, Hoàng đế và Hoàng hậu được xưng "Chủ tử" (主子), các Phi tần đều chỉ được gọi là "Tiểu chủ" (小主). Từ tước Tần trở lên là chủ vị của một cung, còn gọi Nhất cung Chủ vị (一宮主位), tức có thể xưng "Bổn cung" (本宮), ở chính điện của cung đó và được các Thái giám Cung nữ trong hậu cung xưng gọi bằng danh xưng "Nương nương" (娘娘). Khi trong cung không có Hoàng hậu, hoặc Hoàng hậu không thể giải quyết chuyện ở hậu cung, thì Hoàng quý phi sẽ được lập, khi đó các Hoàng quý phi sẽ có vị trí ngang Phó Hoàng hậu, tức Vị đồng Phó hậu (位同副后), lại gia thêm Nhiếp lục cung sự (攝六宮事) thay Hoàng hậu quản lý hậu cung, do đó thường có đặc quyền được "Hợp cung thỉnh an" (合宮請安) vốn chỉ dành riêng cho Hoàng hậu. Ngoài ra, trong tiểu thuyết cũng hay có trường hợp một Quý phi hay Phi có quyền cùng Hoàng hậu (hoặc Hoàng quý phi) cai quản lục cung, tức Hiệp lý lục cung (協理六宮).

Hệ thống hậu cung triều Thanh trong tiểu thuyết này được sắp đặt:

Những điểm lưu ý về hậu cung nhà Thanh thực tế so với tiểu thuyết:

• Hoàng quý phi dù cho là không có Hoàng hậu thì vẫn không "tự động" có vai trò của Hoàng hậu như tiểu thuyết miêu tả. Trong cung đình nhà Thanh thực tế, chỉ có trường hợp Hoàng quý phi có thể thay thế vai trò Hoàng hậu là Hoàng quý phi Nhiếp lục cung sự (皇貴妃攝六宮事), lần đầu cho Càn Long Đế tạo ra để Nhàn Quý phi Na Lạp thị thụ phong với tư cách kế thừa vị trí Hoàng hậu trong tương lai. Vai trò Hoàng hậu được đề cập, chính là có thể khiến Na Lạp thị dùng tước vị Hoàng quý phi tham gia các nghi lễ bằng tư cách Hoàng hậu, và quan trọng nhất là Na Lạp thị là Phi tần duy nhất trong lịch sử nhà Thanh có lễ sách phong y hệt lễ sách lập Hoàng hậu. Trong tiểu thuyết, "Nhiếp lục cung sự" được Lưu Liễm Tử thiết kế chỉ như một đặc quyền hiển nhiên của Hoàng quý phi, điều này không đúng với lịch sử.
• Trước khi Càn Long Đế quyết định đồng thời phong Nhàn phi và Thuần phi đồng vị Quý phi, thì trước đó tước vị Quý phi chỉ có 1 người tại vị. Nói cách khác Càn Long Đế là người sửa đổi và cho phép Quý phi có 2 người.
• Cái gọi là "Hợp cung thỉnh an" tức các phi tần biểu thị người nữ chủ nhân của hậu cung mà đến chào hỏi thỉnh an hằng ngày. Chuyện này không tồn tại giữa Hậu phi nhà Thanh trong lịch sử, hình thức "Thỉnh an" là Hoàng đế đối với Thái hậu hoặc Thái phi tiền triều, và Hoàng hậu phi tần đối với Thái hậu mà thôi.
• Chỉ từ tước Tần trở lên, Hoàng đế mới lệnh Nội vụ phủ nghĩ phong hiệu cho Hậu phi, từ Quý nhân trở xuống chỉ gọi bằng Xưng hiệu (稱號). Bởi vì phong hiệu khi được quyết định còn phải kèm theo lễ sách phong, do vậy từ tước Tần mới được làm lễ sách phong. Trong tiểu thuyết thì từ Đáp ứng đã có phong hiệu lẫn lễ sách phong, hoàn toàn không phù hợp thực tế.
• Phong hiệu của Thanh cung đều là chữ Hán nhưng nghĩa là theo tiếng Mãn. Tiểu thuyết chỉ sử dụng nghĩa chữ Hán.
• Quan nữ tử chính là cung nữ theo văn bản Thanh cung, đôi khi được dùng để chỉ hậu phi không chính thức. Nhiều hiểu lầm đó là một tước vị hậu phi chính thức.
• Trong truyện cũng sắp xếp Ngự tiền Thị nữ (御前侍女), tức cung nữ hầu cận trực tiếp Hoàng đế. Trong lịch sử nhà Thanh, Hoàng đế không có cung nữ.